新軟體工具助力科學家高效解析組織複雜空間數據

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【紐約，紐約州 2025年10月1日】——紐約西奈山伊坎醫學院、波士頓醫學中心和波士頓大學喬巴尼揚與阿韋迪西安醫學院的研究人員開發了一個軟體平臺，幫助科學家更輕鬆地分析健康和疾病狀態下組織的分子結構。 該平臺名為Giotto Suite，相關細節已發表在10月1日在線出版的《自然·方法》期刊上。
近年來，新技術使得捕獲完整組織內RNA和蛋白質的詳細圖譜成為可能——這一領域被稱為空間組學。 這些進展為了解細胞在不同組織微環境中的行為和相互作用提供了寶貴見解，這對於理解癌症、神經退行性疾病和免疫系統疾病等狀況尤為重要。
西奈山伊坎醫學院遺傳學與基因組科學教授、共同高級通訊作者袁國成（Guo-Cheng Yuan）博士表示："雖然空間組學技術正在生成關於組織分子景觀的極其豐富的數據，但現在的真正挑戰在於分析和解釋這些數據。 最大的障礙不再是生成資訊，而是理解這些資訊。 生物學家需要能夠跟上這些數據集日益增長的複雜性和規模的工具，並幫助他們得出有意義的結論。 我們想要創建的工具不僅簡化分析過程，還能適應不同類型的空間數據和工作流程，使研究人員能夠專注於科學而非技術障礙。 "
為滿足這一需求，研究團隊創建了Giotto Suite，這是一套基於R語言（一種廣泛用於數據分析的程式設計語言）構建的模組化軟體工具。 該工具旨在與任何平臺的空間數據協同工作，並支援廣泛的分析，包括不同類型測量和解析度的數據整合。 研究人員表示，其靈活的結構還允許用戶根據研究需求從多個起點開始分析。
波士頓大學喬巴尼揚與阿韋迪西安醫學院醫學、血液學和醫學腫瘤學助理教授、波士頓醫學中心和波士頓大學再生醫學中心副研究員、共同高級通訊作者魯本·德里斯（Ruben Dries）博士表示："許多現有工具要求用戶組合體愛飛機杯 陰蒂高潮液 陰莖增大藥 陰莖增大膏 陰莖增大器 速效雙效藥 速效持久藥 速效勃起藥 迷情型藥 費洛蒙香水 聽話型乖乖水 男性用藥 男性外抹藥 淫汁水 昏睡藥 持久延時液 女性春藥 女性外塗 失憶型藥 增慾按摩油 增慾催情藥 口交潤滑液 印度神油液 催情藥 保養增強藥 乳頭刺激液多個軟體包以完成完整分析。 該工具將這些步驟整合到單一框架中，旨在簡化流程。 我們還考慮到可擴充性，以適應空間數據集日益增長的規模和複雜性。 我們的目標是開發一個説明其他研究人員從其空間數據中發現新見解的平臺。 "
研究人員警告稱，當前版本僅包含可用分析方法的子集，可能不適合所有研究問題。 然而，他們強調，該平臺旨在不斷發展，他們計劃繼續擴展其功能，增強與外部軟體包的互操作性，併為研究社區提供培訓和支援。
展望未來，研究人員計劃在自身對癌症和神經退行性疾病的研究中應用Giotto Suite，同時根據科學界的反饋繼續完善該工具。 該工具可免費提供給研究人員使用，團隊希望這將促進生物醫學研究中空間組學技術的更廣泛應用。